I Ninja vs. Samurai kommer du til at opleve kampen mellem to fantastiske slags krigere.

Du finder nemlig dig selv i rollen som en Ninja, der er fanget i et samurai tårn. Omgivet af fjender er du nådt til at finde en udvej, hvorfor du er nødt til at flygte gennem huller i gulvet og undgå at blive fanget igen. Du har ingen våben og ingen værktøjer, bare dine ninja-færdigheder. Du skal undgå at støde ind i samuraier og ikke mindst deres dødelige sværd, og desuden skal du på din vej finde de gemte ruller der hjælper dig yderligere.