Cell: Emergence foregår i en nær-fremtid fiktiv verden, hvor krig bliver udkæmpet i kode og kemi.

Du kommer nu på opdagelse i det indre af den menneskelige krop. Eksempelvis kan du bekæmpe din fjende ved at sprede antistoffer, som er med til at nedbryde organismen. 
Inspireret af de underholdende 80'er arcade spil som Defender, Centipede, og Missile Command, tilbyder Cell dig 17 underholdende niveauer der kræver, at spilleren dechifrerer et niveaus cellulære simulering og derefter bekæmpe levende processer med hurtighed og præcision.