Spilleren befinder sig i 2. verdenskrig og er B.J. Blazkowicz. B.J. er de allieredes bedste agent, og skal nu i kamp mod fjenden. Det sværd der efter sigende blev stukket i siden på Jesus er nemlig faldet i nazisternes hænder. Det siges når man har sværdet i sin magt er man uovervindelig, så nu skal det hentes ud af Castle Wolfenstein – af dig! Spear of Destiny er en ny, kommerciel version af spillet Wolfenstein 3D.
