Du spiller rollen som teenageren Benjamin, som besøger hans onkels hus til Halloween. Hans onkel, en hjemmelavet forsker, prøver at aktivere hans nyeste opfindelse, en ormehuls maskine. Forunderligt nok, virker den, og åbner vejen ind i en ny galakse, og transporterer en UFO med rumvæsen til jorden. Rumvæsenerne kidnapper din onkel, og det er nu din opgave at redde ham. Alien Incident er et klassisk peg og klik eventyr spil, med mange referencer til Starwars filmene og bøgerne.
